Венеция - Верона - Венеция - Флоренция.

1. Зачем автобусом, это скучно. Езжайте на вапоретто. Впрочем, все зависит от тиго, где у вас гостиница. Если близко к автобусной станции, то автоб, а если к Марко Поло или Лидо - то на Вапоретто
2. Экскурсия наверняка есть, хотя я там всегда ездил на машине.
Но там отличный жележнодоржный сервис
3. Ходят и из Санта Лючии, и из Местре

Есть прямые поезда Венеция-Флоренция, брать лучше пораньше - как появятся в продаже (кажется , за 3 месяца - можно по хорошему тарифу купить).

Прямые поезда есть из Венеции и в Верону и во Флоренцию, помните что забивать название станции на www.trenitalia.com/ надо по-итальянски Venezia Verona Firenze
чем раньше покупать тем дешевле, но вдруг вам понравится и Вы задержитесь? К тому же я в Венеции в первый вечер/ночь заблудился и минут 40 блуждал пока меня не вывели к вокзалу, еле успел на последний паровоз.
Жил в Местре существенно дешевле чем в Венеции 10 минут ехать на автобусе или паровозе, они ходят с интервалом 10-15 минут. Цена паровозом 1.2 евро.
На дневные, неудобные (с пересадкой) или электрички регионале цены существенно ниже чем на скоростных, бывают распродажи и спецпредложения.

Я бы выкинула Верону или заменила ее на Падую, которая существенно ближе и тоже очень интересная. И кстати если важна экономия, то и жить в Падуе значительно дешевле и комфортнее, а логистически вам из трех дней, где только один на Венецию, Венеция в качестве базы вообще неудобна. Да и дорого там. И мало конечно очень по одному дню на каждый из этих городов, очень мало.

Жить однозначно в Венеции! А рассветы, а закаты?!!
Билет на паровоз до Фло покупать за три месяца. Будет порядка 19-25 евро на чел.