Предположу, что на автобусе.

на электричке.

По-моему поезд все-таки подешевле в Чехии. Однако хоть мы и путешествовали на поездах по Чехии много (в Градец-Кралове, Брно и Пльзень) , но цен я не знаю. Мы приобрели за 220 евро проездной на 10 дней из периода в 22 дня и проехали сначала одним днем от Берлина до Сплита через Мюнхен, а обратно через Загреб, Зальцбург, Вену, Будапешт, Братиславу, Прагу и Варшаву.

И еще ребята занимающиеся автостопом, говорят, что Чехии - вполне нормально относятся к стоперам. А это уж всяко дешевле. :)

Довольно быстро вы доедете поездами с главного надражи (вокзала) или вокзала Холешовице, цена может варьироваться, в момент покупки бывает, что продают с неожиданно большой скидкой
на этом сайте удобно посмотреть расписание: выберите язык, какой Вам лучше и в графе время, можно передвигаться вниз , вверх по расписанию: здесь выбран испанский, вверх anterior, siguiente - следующий
reiseauskunft.bahn.de/...4&rt=1&OK#focus

можно также автобусами с Прага Florenc , вот расписание автобусов,
jizdnirady.idnes.cz/vlakyautobusy/spojeni/

на этом сайте и и на сайте www.Idos.cz, можно выбрать вид транспорта, заполнить в открывшейся рамке пункты назначения.(Otkud- станция отправления, KAM-станция назначения). Указывайте дату и время, лучше с 00:00 тогда появится расписание всех автобусов на день, кликайте на слово Нledat.

Еще можно студенческими автобусами, (перевозят всех, вот сайт только сложноват
www.studentagency.cz/...ainpage.php?switch=1460 , туристы хвалят, но я сама не пользовалась, может еще форумчане добавят что-то по студенческому автобусу.
удачной поездки!

Так, ссори, вопрос пришел на почту как с Праги в Брно, тогда сайты те же, только в обратном порядке.

Автобусом Student Agency дешевле (вверху выложили ссылку), если у вас есть ISIC, то еще и скидка будет. Автобус приезжает на AN Florenc, это совсем рядом с одноименой станцией метро.

Автобус Student Agency, рейсы часто. Билет 200 крон взрослый, 140 студенческий. Отделение Student Agency есть на автовокзале на станции метро Florenc. Расписание поездов и также автобусов есть на IDOS.CZ jizni rady.